Фамилия Тотцкий — редкий случай, когда географическое происхождение почти очевидно, но не даёт однозначного ответа. Корень «тот» сразу наводит на мысль о реке Тотца или населённом пункте с похожим названием. Действительно, на карте можно найти несколько мелких речушек и урочищ с таким именем, особенно в бассейне Днепра и в центральной России. Однако самая известная географическая точка — село Тотское (ныне в Оренбургской области). Если фамилия образована от названия этого села, то логичнее было бы ожидать форму «Тотский», а не «Тотцкий». Разница в суффиксе — «-цк-» вместо «-ск-» — может указывать на более старую или диалектную модель словообразования, либо на то, что село в прошлом называлось иначе, например, Тотцы.

Суффикс «-цкий» в русских фамилиях чаще всего указывает на дворянское или шляхетское происхождение (как, например, у Трубецких или Вяземских). Но в случае с Тотцким это не обязательно. В XIX веке такую фамилию могли получить выходцы из духовного сословия — семинаристы нередко брали фамилии по названиям сёл и монастырей, переделывая их на польско-украинский манер. Есть версия, что Тотцкий — это вариант фамилии Тотский, где в документах закрепилось написание через «ц» из-за местного произношения (цоканья) или ошибки писаря.

Ещё одна гипотеза, менее вероятная, но любопытная: прозвище «Тотец» или «Тотка». В диалектах «тот» могло означать «тот самый», «чужак» или даже «отец» (в некоторых говорах «тятя»). Если прозвище дали человеку, которого постоянно называли «тот» (например, в отличие от другого с тем же именем), то фамилия могла возникнуть от этой бытовой клички.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Тотцкий — не единственная ветвь. Есть Тотские, Тотовы, Тотенко, а также редкая фамилия Тотцова. Все они, скорее всего, восходят к одному корню, но разошлись в разных регионах из-за местных особенностей произношения и оформления фамилий. Встречается Тотцкий нечасто, больше всего записей — в центральных областях России и на Украине, что подтверждает его вероятное происхождение от названия небольшого поселения или речки.