Фамилия Трифаненков — редкий пример того, как суффикс -енков прирастает к основе, которая сама по себе уже является уменьшительной формой. В русской ономастике модель «-енков» обычно указывает на происхождение от имени или прозвища, оканчивающегося на -енко, и характерна для южных и западных регионов России, а также для территорий, испытавших влияние украинской антропонимии.

В основе фамилии лежит крестильное имя Трифан — просторечная форма канонического имени Трифон (от греческого «трифеон» — «роскошный», «нежный»). В народной среде имя обросло множеством производных форм: Тришка, Триша, Трифа, Трифаня, Трифанец. Фамилия Трифаненков восходит к одной из таких форм — Трифаненко. Суффикс -енко на юге России и в Малороссии выполнял роль патронимического показателя («чей-то сын» или «потомок»). Когда носитель такой фамилии переселялся в великорусские земли, фамилию адаптировали под местную модель, добавив ещё один суффикс -ов. Так из Трифаненко возник Трифаненков.

Интересно, что фамилия почти не встречается в старых переписных книгах центральных уездов. Это говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда активно шла миграция крестьян с юга на север и восток. Носители фамилии могли быть выходцами из Курской, Воронежской или Харьковской губерний, где форма «Трифаненко» бытовала как обычное отчество или уличное прозвище.

Можно предположить, что первый Трифаненков был внуком человека по имени Трифан, то есть фамилия фиксирует родство через поколение: дед Трифан → его сын (прозванный Трифаненко) → внук, которого в документах записали как Трифаненков. Такая трёхступенчатая модель — редкость: обычно фамилии образуются сразу от имени деда или отца, а здесь мы видим «вложенный» патроним. Это делает Трифаненков не просто фамилией, а своего рода микроисторией семьи, где сохранилось указание на два этапа словообразования.