Фамилия Трифаненкова отвечает на вопрос «чей будете?» и образована от личного имени предка. В её основе лежит просторечная форма канонического крестильного имени Трифон — Трифан. Такая замена звука «о» на «а» возникла под влиянием «акающих» говоров, где безударное «о» произносится как «а». Имя Трифон пришло из греческого языка и переводится как «нежный», «изнеженный».

Модель образования здесь классическая для русских фамилий: к основе Трифаненко- добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность. Получилось «сын Трифаненка», где Трифаненко — в свою очередь, уменьшительная форма имени Трифан с ласкательным суффиксом -енк(о). Такие формы были широко распространены в обиходе, особенно в среде простых людей, и нередко становились основой для фамилий.

Сам факт использования не полной, а именно обиходной, «домашней» формы имени говорит о том, что основатель рода Трифаненковых, скорее всего, принадлежал к простому сословию — крестьянам или посадским людям. В дворянской среде предпочитали писать полные церковные формы имени. Здесь же мы видим живое народное произношение, которое и закрепилось в фамилии.

Суффикс -енк(о) в основе особенно характерен для южнорусских и украинских земель, где такие формы имен были особенно употребительны. Позже, при распространении фамилии на север и восток, к ней добавили великорусское окончание -ов, что и дало современное звучание Трифаненкова. Таким образом, в фамилии соединились две традиции: южная, давшая уменьшительную форму имени, и северная, оформившая её по модели отчества.

Встречаются и родственные фамилии с той же основой, но иным оформлением: Трифонов, Трифанов, Трифоненков. Разница между ними — в том, какая форма имени легла в основу: полная церковная или народная, а также какой уменьшительный суффикс использовали. Фамилия Трифаненкова — редкий пример того, как в одном слове сохранилась память и о древнем греческом имени, и о живом народном говоре.