Мужское крестильное имя Трифон в переводе с греческого означает «нежный». В основу фамилии легла производная форма имени, образованная под влиянием "акающих" говоров - Трифан. Скорее всего, основатель рода Трифаненковых был представителем простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Трифан, со временем получил фамилию Трифаненкова.