Фамилия Труняшина — женская форма, а её мужской вариант Труняшин. В основе фамилии лежит имя или прозвище Труняша. Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Труняшин буквально означало «сын Труняши» или «человек из рода Труняши». Суффикс -ш- в основе (Трун-яш-а) характерен для русских народных и уменьшительно-ласкательных форм имён: Труняша — это человек по имени Труня, а Труня — в свою очередь производное от канонического имени Трифон.

Имя Трифон (греческого происхождения, от слова «трифе» — нежность, роскошь) в русском быту давало множество сокращений: Труня, Труха, Труша. Труняша — один из таких вариантов, типичный для северных и центральных говоров, где суффикс -яш- активно использовали для образования ласкательных имён (сравните: Иван — Ваняша, Петр — Петряша). Таким образом, предок носителей фамилии Труняшиных, скорее всего, звался Трифоном, а в быту его называли Труняшей.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и восточных регионах России, но не массово — это довольно редкая фамилия. Редкость её в том, что она сохранила нестандартную уменьшительную форму, которая не перешла в более привычную Трушин или Трунов. По сословному происхождению Труняшины могли быть крестьянами или посадскими людьми — фамилии на -ин закрепились в этих слоях раньше и прочнее, чем у дворянства. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией нет, что типично для фамилий, образованных от редких обиходных форм имени — они остались локальными и не «выстрелили» в столичных переписях.