Фамилия Циганенко — яркий пример украинской модели образования фамилий, которая сразу подсказывает, где и как возникла. Суффикс -енко — типичный патронимический формант, характерный для Поднепровья, Левобережной и Слободской Украины. Он означает «маленький» или «сын»: Циганенко — это буквально «сын Цыгана» или «маленький цыган». Такая модель была особенно распространена в XVII–XVIII веках среди казачества и крестьянства, а позже закрепилась как наследственная фамилия.

В основе фамилии лежит прозвище Циган (в украинском написании через «и»). Прозвище могли дать человеку за смуглый цвет кожи, темные волосы, склонность к кочевому образу жизни или за какое-то качество, которое в народе связывали с цыганами: например, за умение торговать, играть на музыкальных инструментах или за хитрость. Важно понимать: прозвище не обязательно указывало на этническое происхождение. В славянской среде такие прозвища часто давали по внешнему сходству или по поведению — как, скажем, прозвище Лях (поляк) или Турок.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, фамилии на -енко не склонялись по сословному принципу и встречались у всех слоев украинского населения: от казацкой старшины до крестьян. В Российской империи после переселений часть носителей фамилии Циганенко оказалась на Кубани, Дону и в южных губерниях России, где фамилия могла русифицироваться в Цыганенко (через «ы»). В украинской же традиции написание через «и» сохраняется и сегодня.

Любопытная деталь: в украинском языке слово «циган» не имело резко негативного оттенка в бытовом обиходе, поэтому фамилия Циганенко не считалась обидной или унизительной для предка. Это просто меткое прозвище, закрепившееся в роду. Фамилия нередкая, особенно в центральных и восточных областях Украины, а также в украинской диаспоре. Её однокоренные «родственники» — Циган, Циганюк, Циганов, Цыганков — различаются только суффиксами, но указывают на ту же основу.