Фамилия Цилинский — относительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов или -ин, суффикс -ский указывает на географическую или топонимическую основу: такую фамилию обычно получал человек, владевший землёй или происходивший из местечка с похожим названием. Однако корень «цил-» в русском языке не встречается, что заставляет искать иноязычные истоки.

Наиболее вероятная версия — польское или белорусское происхождение. Фамилия могла образоваться от названия населённого пункта вроде Цилин (Cylin) или Цилино (Cylino). Такие топонимы встречаются на территории современной Польши и Западной Беларуси. В этом случае Цилинский — типичная шляхетская фамилия, указывающая на родовое поместье. Дворянин, владевший деревней Цилин, становился Цилинским, и его потомки наследовали это именование. Альтернативно, фамилия могла возникнуть у крестьянина или мещанина, переселившегося из такого села в другое место — в качестве прозвища по месту прежнего жительства.

Существует и менее очевидная гипотеза, связывающая фамилию с еврейским ашкеназским миром. В восточноевропейском еврейском ономастиконе фамилии на -ский были распространены, и иногда их давали по названию города или местечка. Если допустить, что основой послужило местечко Цилин (такое могло быть в черте оседлости), то фамилия Цилинский могла появиться у еврейской семьи. Однако эта версия слабее: конкретный топоним с таким корнем в еврейских общинах не зафиксирован, и чаще встречаются фамилии Цилин, Цильман или Цилькер.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ск- плюс окончание -ий. Это типичный способ для фамилий, указывающих на принадлежность к местности. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Ци́линский, хотя в разговорной речи можно услышать и вариант Цили́нский.

Спор о корне остаётся открытым. Если отбросить искусственные версии, самое правдоподобное объяснение — польский шляхетский топоним. В таком случае предки носителя фамилии были либо мелкими землевладельцами на восточных землях Речи Посполитой, либо выходцами из соответствующего села. Точных данных о сословной принадлежности большинства Цилинских нет, но география фамилии (встречается в Беларуси, на западе России и в Польше) подтверждает западнославянский след.