Фамилия Ципкина — женская форма фамилии Ципкин, и её происхождение тесно связано с прозвищем или именем, которое носил предок-мужчина. В основе лежит корень «цип-». В русских говорах слово «цыпка» (или «ципка») имело два основных значения. Первое — ласковое обращение к цыплёнку, курице, а также к маленькому ребёнку. Второе, менее очевидное, — это диалектное название цыпки, то есть трещинки или шероховатости на коже, особенно на руках от холода. Таким образом, фамилия могла образоваться от прозвища Цыпка (Ципка), которое дали либо человеку маленького роста или хрупкого телосложения, либо тому, кто занимался разведением домашней птицы, либо, что реже, человеку с заметным кожным дефектом.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на -а/-я добавляется патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «Ципкин», то есть сын Ципки). Суффикс -ин в этой фамилии нередок, он характерен для фамилий, образованных от слов женского рода или от прозвищ с окончанием -а.

Географически фамилия Ципкин (и Ципкина) тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где форма «ципка» вместо литературного «цыпка» встречается чаще. В украинском языке слово «ципка» (курча) звучит естественно, поэтому не исключено, что фамилия имеет украинские корни. В дореволюционных метрических книгах носители фамилии фиксировались в основном среди крестьян и мещан, что указывает на простонародное происхождение прозвища. Дворянских родов с такой фамилией не известно.

Стоит упомянуть и менее вероятную, но существующую в ономастике версию о связи с еврейскими фамилиями, образованными от аббревиатур или личных имён. Однако для фамилии Ципкина эта гипотеза слаба: в еврейской традиции чаще встречается форма Ципкин с основой от имени Ципа (Ципора), но написание через «и» после «ц» в русском языке — позднее явление, а не исходное. Правдоподобнее всего объяснять фамилию через русское или украинское прозвище, связанное с птицей.