Фамилия Тюфтин образована от прозвища Тюфтя. В русских говорах слово «тюфтя» имело два основных значения: неповоротливый, медлительный человек или же, напротив, тот, кто говорит невнятно, «тюфтит» — бормочет, мямлит. Прозвище давалось по характеру или манере речи, а фамилия на -ин закрепила его за потомками: «чей?» — Тюфтин, то есть сын или внук Тюфти.

Модель образования типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин присоединялся к основам на -а/-я. Встречается также вариант Тюфтев, где суффикс -ев указывает на основу, оканчивающуюся на согласный или -й. В некоторых диалектах «тюфтя» могло означать и «плохой работник», «размазня» — прозвище, скорее, ироничное, чем оскорбительное, часто дававшееся в крестьянской среде для бытовой характеристики человека.

Связь с тюркскими корнями маловероятна, хотя слово «тюфяк» (матрас) заимствовано из тюркских языков. Прозвище Тюфтя не имеет к нему прямого отношения — это чисто русская диалектная лексика, зафиксированная в словарях Даля и областных говорах. Географически фамилия встречается преимущественно в Вологодской, Архангельской и Костромской областях, что подтверждает её севернорусское происхождение.

Единичные случаи написания через «ё» — Тюфтин — не меняют значения, а лишь отражают местное произношение. В дореволюционных метриках фамилия могла записываться как Тюфтинов, с двойным суффиксом, но это редкий вариант.