Фамилия Уханкина — женская форма, а её мужской вариант Уханкин. В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Уханка. Самое вероятное объяснение этого имени связано со словом «ухо»: Уханкой на Руси могли называть человека с большими, торчащими или необычной формы ушами. Прозвища по внешним признакам были очень распространены и часто становились фамилиями, не неся в себе негативной оценки — просто фиксировали заметную черту.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русского севера и центра: суффикс -к(а) образовывал уменьшительно-ласкательную или обиходную форму имени или прозвища (сравните: Иван — Иванка, Григорий — Гришка), а затем суффикс -ин указывал на принадлежность: «чей?» — Уханкин, то есть сын или потомок Уханки. Такая модель была особенно активна в XV–XVII веках, когда фамилии только формировались у крестьян и посадских людей.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с глаголом «ухать», то есть кричать, издавать глухой звук. В этом случае Уханка могло быть прозвищем человека с громким голосом или того, кто работал на обжиге угля или в кузнице, где «уханье» было частью процесса. Однако эта версия слабее: прозвища от глагольных форм с суффиксом -к(а) встречаются реже, чем от имён существительных.

Географически фамилия Уханкина не привязана к какому-то одному региону, но корни её стоит искать в центральных и северных губерниях России — там, где активно использовалась модель на -ин. Встречается она и в старых писцовых книгах, и в современных списках, но остаётся довольно редкой, что говорит о локальном происхождении: вероятно, родоначальник был известен в своей волости, а за её пределами фамилия не разошлась широко.

Если говорить о социальном контексте, то носители фамилии Уханкин в большинстве своём были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано — это типичная «низовая» фамилия, образованная от бытового прозвища, без претензий на знатность.