Фамилия Устинскова — женская форма от Устинсков, а та, в свою очередь, образована от мужского имени Устин. Это народная, обиходная форма канонического крестильного имени Иустин (от латинского justus — «справедливый»). В русской традиции начальное «И» часто отпадало, так что Иустин превращался в Устин, а уменьшительные формы (Устинка, Устя) давали жизнь множеству фамилий.

Редкость фамилии — в её суффиксе. Стандартная модель для фамилий от полных имён — Устинов (чей? — сын Устина). Здесь же мы видим суффикс -ск-, который обычно указывает на топонимическое происхождение: «из Устинска» или «Устинский». Устинсков — это не «сын Устина», а скорее «выходец из местности, связанной с Устином», либо человек, получивший фамилию по названию села Устинское или Устинково. Такие «выезжие» фамилии на -ской/-цкой в XVI–XVII веках часто давали служилым людям, переселенцам или священникам, которых переводили из одного прихода в другой.

На практике фамилия Устинсков (и Устинскова) могла закрепиться за крестьянами, которых переписали не по отцу, а по месту прежнего жительства. Например, в писцовых книгах XVII века встречаются деревни Устинково в Тверской и Костромской губерниях. Если крестьянин оттуда переезжал в другой уезд, его могли записать как «Устинсковский», а со временем окончание сократилось до -ов.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — искусственное происхождение. В семинарской среде XVIII–XIX веков будущим священникам иногда меняли фамилии на более благозвучные, добавляя суффикс -ский. Устин мог стать Устинским, а в бытовой речи фамилия обросла простонародным окончанием -ов. Так и появился гибрид Устинсков.

В современной России фамилия встречается редко, чаще всего в центральных областях и Поволжье. Носительница фамилии Устинскова может с равной вероятностью происходить из крестьянской среды, из духовного сословия или из мещан — однозначно сказать, не имея генеалогических записей, нельзя.