Фамилия Вакулишин образована от имени или прозвища в основе. Если смотреть на суффикс, то это классическая украинская и западнорусская модель на -ишин, которая указывает на принадлежность: «чей?» — Вакулишин, то есть сын или потомок Вакули. Суффикс -ишин встречается реже, чем -ов или -ин, и чаще всего закреплён за регионами, где в быту использовали форму с окончанием -иш. В данном случае основа — Вакула, народная форма крестильного имени Вукол (от греческого «пастух»). В украинской традиции имя Вакула было распространено, его носили не только крестьяне, но и казаки. Прозвище могло закрепиться за человеком, который пас скот, или за тем, кто носил имя в честь святого Вукола, епископа Смирнского. Есть и вторая, менее вероятная версия: Вакулишин мог образоваться от прозвища Вакула, которое в некоторых говорах означало «медлительный» или «неповоротливый», но для этого нет надёжных диалектных подтверждений.

Географически фамилия тяготеет к западной Украине — Волынь, Подолье, Галичина. Встречается также в Беларуси и на юге России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. По сословной принадлежности предки Вакулишиных, скорее всего, были казаками или крестьянами, реже — мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В написании возможны варианты: Вакулишин или Вакулишын, но в русской орфографии закрепился первый. Фамилия нечастотная, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы встретили Вакулишина, с высокой вероятностью его корни уходят в украинское село с традицией патронимических фамилий на -ишин.