Фамилия Вакулишина — женская форма фамилии Вакулишин, а та, в свою очередь, образована от мужского имени Вакула. Споров вокруг происхождения этой основы два, и один из них заметно правдоподобнее.

Первая, слабая версия, выводит Вакулу из мирского, то есть нецерковного, имени. Мирские имена на Руси давали в быту, часто в противовес крестильным, но для имени Вакула эта гипотеза не находит серьёзной поддержки. Куда убедительнее выглядит связь с украинским именем Вакула, которое восходит к каноническому мужскому имени Вукол. В переводе с греческого Вукол (Βουκόλος) означает «пастух» — слово составлено из «βους» (бык, корова) и «κολος» (пастух). Имя это было известно в святцах, хотя и не относилось к самым распространённым.

В пользу украинского следа говорит и сама форма фамилии. Суффикс -ишин (от которого образована форма -ишина) типичен для западнорусских и украинских земель: он указывает на принадлежность кому-то (буквально: «чей?» — Вакулишин, то есть сын или потомок Вакулы). Такой способ образования фамилий особенно характерен для Волыни, Подолья и Галиции.

Интересно, что в русских актах XV века встречается похожая форма имени — Бакула. В частности, в работе С. Б. Веселовского «Ономастикон» записан крестьянин Бакула (1495 год, Новгород). Это не прямое совпадение, но важный штрих: имя бытовало в разных диалектных вариантах, и Вакула могло быть его южнорусской или малороссийской ветвью. Новгородский случай показывает, что корень не был строго региональным, однако массовое закрепление фамилий на -ишин и -ишина — явление уже более позднее и географически определённое.

Итак, фамилия Вакулишина в своей основе — отчество от имени Вакула (уменьшительная или обиходная форма от Вукол). Предок носительницы этой фамилии, скорее всего, происходил с украинских или белорусских территорий, где такие формы фамилий были нормой. Значение имени-основы отсылает к пастушескому делу, но не стоит понимать это буквально: имя Вукол давали не только пастухам, а просто как христианское имя в честь святого.