Фамилия Ваньчина образована по стандартной русской модели от мужского прозвища или имени, оканчивающегося на -а: Ваньча. Суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Ваньчина — «дочь или жена Ваньчи». Основа Ваньча — это не что иное, как разговорная форма имени Иван, которая прошла через характерное для русской народной речи добавление уменьшительного суффикса -к- (Ванька) с последующим смягчением и переходом в -ч- (Ваньча). Такая форма встречается в северных и сибирских говорах, где -ча нередко заменяло -ка в именах: вместо Ванька говорили Ваньча, вместо Митька — Митьча.

Сам по себе суффикс -ча в русском именослове встречается реже, чем -ка, поэтому фамилия Ваньчина стоит в одном ряду с такими редкими вариантами, как Митьчин, Петьчин или Сеньчин. Основной массив фамилий от Ивана — это Иванов, Иваньков, Ваньков. Ваньчина же выделяется именно формой основы: она не просто «маленький Иван», а «Иван, названный в ласкательно-просторечной манере». Вероятнее всего, предок носителя фамилии в документах XVII—XVIII веков был записан как Ваньча, и это прозвище закрепилось за его потомками.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку Европейской России — Вологодской, Архангельской, Кировской областям, где диалектное -ча встречалось чаще. Встречается она и в Сибири, куда переселенцы принесли свой говор. Сословного барьера у фамилии не было: Ваньчей могли называть и крестьянина, и посадского человека, и даже священника в быту, но в официальных бумагах дворянские роды с такой фамилией не фиксируются.

Происхождение фамилии прозрачно и не требует сложных гипотез: имя Иван в русской деревне было настолько распространено, что породило десятки производных форм, и Ваньча — одна из самых колоритных, сохранившаяся именно в виде фамилии.