Фамилия Ваньшин образована от просторечной формы крестильного имени Иоанн — Ваньша. Само имя Иоанн в переводе с древнееврейского означает «милость Божья», но в народной среде оно прижилось в сокращённом и переоформленном виде. Ваньша — это не просто Ваня, а слово с суффиксом -ш-, который в русской антропонимии служил для образования уменьшительных или обиходных форм имён (сравните: Проша от Прокофий, Тимоша от Тимофей). Такая модель была особенно распространена в северных и центральных говорах, где -ша добавляли к основе имени, чтобы сделать его более привычным в быту.

По сути, Ваньша — это тот же Ваня, но с иным суффиксальным оформлением, что и дало начало фамилии Ваньшин. Притяжательный суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Ваньшин, то есть сын Ваньши. Первые носители фамилии, скорее всего, были людьми незнатного происхождения — крестьянами или посадскими, у которых в документах отчество постепенно закрепилось как родовое прозвание.

Фамилия встречается преимущественно в центральной России и Поволжье, что подтверждает её связь с просторечной, а не книжной традицией именования. В отличие от более распространённых Ванин, Ваничкин или Иванов, форма Ваньшин сохранила редкий суффиксальный вариант, который в XIX веке уже почти не использовался для образования новых фамилий. Это делает её ценной с точки зрения истории русского языка — она зафиксировала ту ступень народного словообразования, которая позже уступила место стандартному «Иванов».