Фамилия Ваняшина восходит к уменьшительно-ласкательной форме Ваняша (или Ваняшка) от крестильного имени Иоанн. В переводе с древнееврейского оно означает «милость Божья», но в русской бытовой традиции закрепилось в виде сотен производных форм. Ваняша — одна из них, наряду с Ванятой, Ванюхой или Ванькой. Такие варианты возникали в деревенской и городской среде стихийно: родители называли ребёнка ласково, а в документах это прозвище записывали как официальное имя.

Фамилия образована по продуктивной модели на -ин. В русской ономастике суффикс -ин присоединяли к основам, оканчивающимся на -а или -я: Ваняша → Ваняшин. Со временем форма закрепилась в женском роде как Ваняшина, но исторически она обозначала «дочь (или жена) Ваняши». В документах XVII–XVIII веков встречаются записи крестьян и посадских людей с именем Ваняша — например, в переписных книгах Нижегородского уезда 1646 года упомянут Ваняшка Ондреев. Это подтверждает, что основа фамилии не книжная, а живая, разговорная.

Географически фамилия Ваняшина чаще встречается в центральных и поволжских областях России, особенно в бывших вотчинах, где было распространено имя Иван в его просторечных вариантах. Встречаются и однокоренные фамилии: Ваняшкин, Ваняшов, Ванягин. Разница в суффиксах указывает на разные диалектные особенности: -ов типичен для южнорусских говоров, -ин — для северных и центральных. Ваняшина, таким образом, тяготеет к северной и среднерусской традиции словообразования.

С точки зрения социального контекста, фамилия не указывает на знатное происхождение. Ваняшами в крестьянской среде называли детей и взрослых без оттенка пренебрежения — скорее с теплотой. Потомок человека по имени Ваняша, получив фамилию, не менял её при переходе в другие сословия, поэтому Ваняшины могли быть и крестьянами, и мещанами, и купцами. Точных данных о дворянских ветвях нет, но отдельные упоминания встречаются в метрических книгах XIX века по Тверской и Костромской губерниям.

Спорных версий происхождения немного. Иногда фамилию пытаются связать с диалектным глаголом «ваняшить» (говорить невнятно или делать что-то небрежно), но это маловероятно: слово не зафиксировано в авторитетных словарях русских говоров. Основная и единственная убедительная версия — от имени Ваняша, уменьшительной формы Иоанна.