Фамилия Ваняшины образована от имени Ваняша — уменьшительно-ласкательной формы церковного имени Иоанн. В переводе с древнееврейского оно означает «милость Божья», но в быту это значение быстро стерлось, уступив место чисто семейному, домашнему прозвищу. Ваняшей или Ваняшкой в крестьянской и мещанской среде называли мальчика, которого в церковных книгах записывали полным именем Иоанн; в повседневной речи такие «домашние» варианты были нормой.

Фамилия построена по типичной восточнославянской модели: к основе Ваняш- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Ваняшин буквально означает «сын Ваняши» или «из рода Ваняши». Такая модель (суффикс -ин) характерна для фамилий, образованных от имен и прозвищ на -а/-я, и в русской ономастике встречается столь же часто, как и -ов/-ев.

О точном месте возникновения фамилии сейчас говорить сложно. Процесс закрепления фамилий на Руси растянулся на несколько столетий, и Ваняшины могли появиться и в центральных губерниях, и на Русском Севере, где уменьшительные формы на -ша были особенно распространены. С уверенностью можно сказать лишь то, что фамилия не принадлежала к дворянским: в родословных книгах и боярских списках она не встречается. Скорее всего, предки Ваняшиных — крестьяне, посадские люди или однодворцы.

В написании фамилии возможна вариативность: Ваняшин и Ваняшина (женская форма), а также редкий вариант Ваняшкин, образованный от той же основы, но с другим суффиксом. Ваняшины — это живой след народной традиции переделывать полное церковное имя в короткое, уютное прозвище, которое затем навсегда закрепилось за родом.