Фамилия Варакса восходит к аналогичному прозвищу, образованному от глагола «варакать» - «небрежно, плохо писать; мазать». Поэтому так могли называть плохого писца или художника, а также плохого работника. Кроме того, в некоторых говорах прозвище Варакса получал неряшливый человек или болтун. Согласно другой, менее правдоподобной гипотезе, в основе этой фамилии лежит нецерковное эрзянское имя Варака («ворон»). В таком случае можно предположить, что таким именем нарекали ребенка с черными волосами. Веселовского записаны однокоренные фамилии: Лева и Никита Ивановичи Вараксины, помещики, 1498 год, Новгород; Варакса Онисимович Карцев, 1559 год, Звенигород; Вараксины, XVI—XVII века.