Фамилия Вараксас — редкий случай, когда мы почти наверняка знаем её корень, но не можем определить, откуда он пришёл в русский язык. Основа «варакс-» не объясняется ни из славянских, ни из тюркских, ни из финно-угорских наречий. Самый правдоподобный путь — греческий. В греческом «варакс» (βάραξ) означает «скала», «утес», а также «колючий кустарник» (отсюда и современное растение варакс). В русских говорах слово не зафиксировано, поэтому носителем прозвища мог быть либо выходец из греческой диаспоры (например, из Приазовья или Крыма), либо человек, получивший прозвище за твёрдость, неподатливость характера или за внешнее сходство с камнем.

Суффикс -ас в фамилии — нестандартный для восточнославянской модели. Обычно фамилии на -ас (Балабас, Каравас, Головас) встречаются на западе: в украинских, белорусских и польских землях. Если предположить, что основа греческая, то фамилия могла сложиться уже на русской почве по аналогии с этими западными образцами: прозвище Вараксас — «каменистый», «кряжистый». Встречается также вариант с ударением на последний слог — Варакса́с, что характерно для литовских фамилий, но литовской этимологии у слова нет.

География фамилии крайне узкая. Основной массив носителей — единичные семьи в Литве и на северо-западе России, в Псковской области. Это наводит на мысль, что фамилия могла быть записана при переписи как искажение более понятного слова. Например, в псковских говорах есть глагол «вараксать» — «пачкать», «марать», но он дал бы фамилию Вараксин, а не Вараксас. Скорее всего, перед нами случай, когда редкое прозвище закрепилось в одном роду и не «переводилось» на стандартные суффиксы.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, крестьянский или мещанский. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, а духовенство обычно получало фамилии на -ский. Так что предок по прозвищу Вараксас — человек, которого за каменное упрямство или заросшее лицо прозвали «скалой».