Фамилия Вараксин образована от прозвища, и её значение напрямую связано с глаголом «варакать» — небрежно, плохо писать или мазать. Так могли называть плохого писца, нерадивого художника или вообще любого неаккуратного работника. В некоторых говорах прозвище Варакса закреплялось за неряшливым человеком или болтуном. Есть и альтернативная, менее правдоподобная гипотеза, возводящая основу к эрзянскому имени Варака («ворон»), но она уступает славянской версии и по частоте упоминаний, и по логике словообразования.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вараксин — «сын Вараксы» или «потомок Вараксы». Такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -а, и широко распространена в русской ономастике.

Ранние письменные свидетельства о Вараксиных относятся к концу XV века. В исторических актах упоминаются Лева и Никита Ивановичи Вараксины, помещики 1498 года в Новгороде, а также Варакса Онисимович Карцев, 1559 года из Звенигорода. В XVI–XVII веках фамилия уже прочно закрепилась в документах. Известен русский дворянский род Вараксиных, родоначальник которого, по преданию, выехал из Пруссии в XIV веке. В актах представители рода фигурируют как помещики в Деревской пятине со второй половины XV века.

Одна ветвь рода, идущая от Федора Тимофеевича Вараксина, была записана в VI часть родословных книг Вологодской и Московской губерний. Другая ветвь, от Петра Яковлевича Вараксина, получившего поместье отца в 1682 году, числилась в VI части родословной книги Новгородской губернии. Примечательно, что Герольдия правительственного Сената впоследствии отказала обеим ветвям в признании древнего дворянства — из-за недостаточности представленных доказательств. Таким образом, фамилия Вараксин прошла путь от бытового прозвища до дворянской фамилии, которую носили новгородские и звенигородские помещики.