Фамилия Варанковер — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с русским языком. В ней слышна еврейская (ашкеназская) модель образования, где вторая часть «-вер» (от идиш «вер» — «человек» или немецкого «-er») указывает на жителя или выходца из какого-либо места. Первая часть «Варанков» может быть искажённым топонимом — названием города или местечка. Скорее всего, предок носителя фамилии был выходцем из населённого пункта с корнем «Варанк-» или «Варанков». Такие названия встречаются, например, в Восточной Европе: есть село Варанкевичи в Беларуси или историческое местечко Воронков (на Украине), которое в еврейской среде могло произноситься как «Варанков». При переходе в фамилию добавился суффикс «-ер», типичный для фамилий, образованных от названий городов (ср. Бердичер, Одессер). Таким образом, Варанковер — это «человек из Варанкова».

Вторая версия, менее вероятная, — искусственное происхождение. В конце XIX — начале XX века еврейские фамилии нередко создавались канцелярским путём, и чиновник мог записать прозвище или название на слух. Если основа «варанк» — это диалектное или искажённое слово, то точную этимологию восстановить трудно.

В русском языке суффикс «-ов» в середине фамилии (Варанков-ер) не является типичным для исконно русских фамилий. Русские фамилии на «-овер» практически не встречаются, что подтверждает иноязычное происхождение. Географически фамилия Варанковер крайне редка, её носители в основном рассеяны по бывшему СССР и странам эмиграции. Сословной принадлежности предков установить по фамилии невозможно — она не указывает на дворянство или духовенство, а говорит лишь о месте выхода семьи.