Фамилия Варановара — редкая, составная и, скорее всего, нерусская по происхождению, хотя и оформлена по русской словообразовательной модели. В ней отчетливо выделяются две части: «варан» и «овара». Первая часть, «варан», наводит на мысль о хищной ящерице, но в русской ономастике прозвища по названиям животных (Ворон, Волк, Заяц) были распространены, а «варан» — слово книжное, заимствованное из европейских языков не ранее XVIII века. Маловероятно, чтобы крестьянина или ремесленника в допетровской Руси прозвали вараном. Значит, корень иной.

Вторая часть, «овара», может быть искажением или диалектным вариантом. Если предположить, что фамилия происходит из финно-угорских языков (карельского, вепсского или коми), то «вара» часто означает «гора», «лесистая возвышенность», а «овара» — уменьшительная или принадлежная форма («гористый», «с горы»). В таком случае Варановара — это человек, связанный с местностью: «живущий у горы» или «пришедший с горы». Фамилии на -овара встречаются в северных регионах России, особенно в Карелии и Архангельской области, где смешение славянских и финно-угорских элементов давало подобные гибриды.

Суффикс -а в конце — это, скорее всего, не русское окончание женского рода, а часть основы, застывшая в именительном падеже. В русской записи фамилия могла склоняться по мужскому роду (Варановаров), но в быту закрепилась в неизменяемой форме, как это бывает с фамилиями иноязычного происхождения (например, Дурново, Хитрово). Таким образом, Варановара — это не «жена Варановара», а самостоятельная фамилия, образованная от географического прозвища.

Вторая, менее вероятная версия — искусственное происхождение. В XIX веке в духовных семинариях нередко давали «говорящие» фамилии из латинских или греческих корней. «Варан» (лат. varanus — «бдительный», «предупреждающий») могло стать основой для фамилии семинариста, но сочетание с «овара» выглядит натяжкой. Скорее всего, перед нами северная, локальная фамилия, возникшая в зоне контакта славянского и финно-угорского населения. Носители такой фамилии — выходцы из Поморья или Карелии, чьи предки получили прозвище по месту жительства у крутого берега или каменистой гряды.