Фамилия Вариненко — отличный пример украинской модели фамилеобразования, в которой суффикс -енко выступает главным маркером. В украинской ономастике этот суффикс изначально имел значение «малый», «сын» или «потомок», а позже закрепился как типичный фамильный формант для центральных и левобережных регионов Украины. Основа фамилии — Варин, что указывает на прозвище или имя предка по мужской линии.

Сам корень Вар- может иметь несколько источников. Самое прямое объяснение — от древнерусского или украинского слова «вар»: варка, кипяток, смола, а также жаркий, знойный день. В говорах «вара» означала не только сваренное пиво или брагу, но и вообще процесс кипячения, выпаривания соли. Прозвище Вар могли дать человеку, который занимался варкой соли, пива, мёда или мыла — то есть ремесленнику, работавшему с горячими жидкостями. Второй вариант — от имени Вар, сокращённой формы крестильного имени Варлам (Варлаам) или реже — Варфоломей. В украинской среде такие усечённые формы были обычным делом: Варко, Варка, Варило.

Менее вероятная, но возможная версия — от тюркского «вар» в значении «есть, имеется», которое могло стать прозвищем зажиточного или удачливого человека. Однако для украинской антропонимии тюркские корни в таких фамилиях нехарактерны, разве что в южных степных регионах.

Географически фамилия Вариненко с высокой вероятностью происходит из Полтавской, Черниговской или Киевской губерний — зоны классического распространения фамилий на -енко. Судя по тому, что суффикс -енко присоединён к основе Варин-, а не к Вари-, перед нами форма, где -ин — это притяжательный суффикс (чей? — Варин сын), что даёт двойную патронимическую конструкцию: «сын Вариного (человека)». Такая модель встречается реже, чем просто Вариенко, и подчёркивает, что прозвище отца было Вара или Вар, а не Варин.

В сословном отношении фамилия не указывает на дворянство или духовенство — скорее всего, предки были ремесленниками, казаками или крестьянами. В XIX веке Вариненко могли встречаться и среди мещан, но без дополнительных архивных изысканий точнее сказать трудно.