Фамилия Варина чаще всего отталкивается не от имени, а от прозвища Вара. Слово «вара» в «Толковом словаре живого великорусского языка» Владимира Даля имеет два противоположных значения: «холм, небольшая гора, крутой пригорок» или, наоборот, «овраг». Поэтому прозвище Вара, скорее всего, было топографическим — его давали человеку, жившему на возвышенности или в низине. Такие прозвища по месту жительства — один из самых древних и распространённых типов русских фамилий.

Менее вероятна, но всё же возможна связь с профессией. Варой могли назвать повара (от «варить») или того, кто занимался варкой смолы. Однако первая, «географическая» версия убедительнее: у неё есть прямое словарное подтверждение, а профессиональное прозвище обычно звучало бы иначе — Варщик или Варильщик.

Фамилия образована с помощью типичного русского суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Варин, то есть сын или потомок Вары. В женском роде фамилия закрепилась как Варина. Интересно, что в некоторых говорах «вара» означала также «стража» или «охрана» (от древнерусского «варь» — сторож), но эта версия для фамилии Варина выглядит натянутой и обычно не рассматривается ономастами всерьёз.

Фамилия не принадлежит к числу дворянских или княжеских — это типичное крестьянское или посадское прозвание, которое могло возникнуть в любой местности, где были заметные овраги или холмы. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, где рельеф более разнообразен.