Фамилия Вацер — редкий пример фамилии, образованной от личного имени, но не напрямую, а через польское или немецкое посредство. В русской среде она почти не встречается, и её происхождение связано с несколькими возможными источниками.

Наиболее вероятная версия — от полного имени Вячеслав в его польской форме Wacław. В польском языке имя дало уменьшительные варианты Wacek, Waczek, а также Wacer (с суффиксом -er, характерным для польских прозвищ). Фамилия Вацер могла попасть в русский язык из западных регионов (Белоруссия, Украина, Польша) вместе с носителями, чьи предки звались Вацером — то есть «Вячеславом» в уменьшительной форме. Суффикс -ер в русской ономастике не типичен, но для польских заимствований он обычен.

Вторая версия — немецкая. Фамилия Wasser (вода) или Wazer могла быть адаптирована на слух как Вацер. В немецком языке Wasser нередко становилось фамилией для человека, жившего у воды, либо для мельника, винодела. Однако в русской передаче немецкое ss редко переходит в ц, поэтому эта версия менее убедительна. Скорее, если фамилия немецкая, её исходная форма — Watz (от личного имени Watz — краткая форма от Watzlaw, то есть снова Вячеслав).

Третий вариант — от еврейского прозвища. В идише vatser означает «вода», и фамилия могла возникнуть как описательное прозвище для водовоза или человека, связанного с водой. Но в таком случае фамилия чаще записывалась бы как Вассер, а не Вацер.

Словообразовательная модель фамилии проста: основа вац- (от корня, восходящего к славянскому вят- в значении «большой, великий») и суффикс -ер, который в русском языке не является продуктивным, но в заимствованных фамилиях выполняет роль окончания. Таким образом, фамилия Вацер — это отантропонимическая фамилия, то есть образованная от личного имени, скорее всего польского происхождения.

Географически носители фамилии Вацер встречаются в основном в западных областях России, в Беларуси и на Украине, а также среди потомков эмигрантов из этих регионов. В дореволюционных источниках фамилия фиксируется редко, что подтверждает её локальный и поздний характер.

Если коротко: предки человека с фамилией Вацер, скорее всего, происходили из польско-белорусского пограничья, а их фамилия — это уменьшительная форма от имени Вячеслав (через польское Wacław).