Фамилия Вегерина, скорее всего, образована от прозвища Вегера. В его основе лежит испанское слово veguer — «вегер, викарий». Так в Арагоне, Каталонии и на Мальорке называли чиновника, которого король назначал вершить правосудие. Значит, прозвище Вегера могло указывать и на род занятий предка, и на его высокое социальное положение.

Модель образования здесь простая: к основе Вегер- добавили типичный русский суффикс -ин. В русской традиции такие фамилии отвечали на вопрос «чей?» и означали «сын Вегеры» или «принадлежащий Вегере». Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов мужского рода, оканчивающихся на -а или -я (ср. Пушкин, Ильин). Это делает происхождение от прозвища Вегера (а не от иноязычного слова без адаптации) наиболее логичным.

Существует и другая версия, но она менее правдоподобна. Согласно ей, фамилия восходит к французскому verger — «фруктовый сад». В этом случае она могла бы указывать на место жительства предка. Однако такое объяснение требует допустить, что исходное слово сперва изменило звучание (утратило «р»), а потом было переосмыслено на русской почве. Прямых свидетельств этому нет, поэтому версия с испанским «вегером» выглядит убедительнее.

Фамилия Вегерина — редкая, она почти не встречается за пределами России и стран бывшего СССР. Это косвенно подтверждает, что её носители — потомки не массового переселенца, а, вероятно, человека, чья судьба была связана с южноевропейскими землями, откуда он или его потомки попали в русскоязычную среду.