Фамилия Вернигородская — один из тех редких случаев, когда прозвище предка буквально «законсервировалось» в фамилии в форме глагольного приказа. Основа здесь — повелительное наклонение «верни» и существительное «город». Прямое значение: «верни город». Такие «командные» фамилии (Вернигора, Вернидуб, Вернигора, а также Вернигород) в старину давали не за буквальный возврат крепости, а как ироничное прозвище силачу или упрямцу, который, по мнению окружающих, мог бы «вернуть город» одной своей мощью. Женская форма на -ская указывает, что фамилия дворянского или польско-шляхетского происхождения, либо образована от названия населённого пункта вроде Вернигородок или Вернигороды.

Версия с географической привязкой тоже состоятельна. В Украине и на юго-западе России встречаются топонимы с корнем «Вернигород» — например, хутора или урочища, названные по тому же прозвищу первопоселенца. Тогда фамилия Вернигородская — это «та, что родом из Вернигорода», типичная модель для фамилий на -ский, которые в XVII–XIX веках часто получали переселенцы, переехавшие в другие места и взявшие фамилию по покинутой деревне.

Суффикс -ск- в сочетании с окончанием -ая выдаёт в фамилии женскую форму, но в русской традиции она закрепилась как неизменяемая фамилия женщины (Вернигородская), тогда как мужской вариант — Вернигородский. Встречается фамилия нечасто, преимущественно в центральных и южных регионах России, а также среди потомков украинских казаков. По модели образования она близка к фамилиям Вернигора, Вернидуб, Вернигоров — все они из одного гнезда «силовых» или «командных» прозвищ, которые в XVI–XVII веках были особенно популярны в среде запорожского казачества и вольных служилых людей.