Фамилия Вернигорин — одна из тех, что сразу бросаются в глаза своей глагольной основой. Она образована от прозвища Вернигора, которое, в свою очередь, сложилось из повелительного наклонения «верни» и существительного «гора». В буквальном смысле прозвище звучит как приказ «верни гору» или «сдвинь гору с места». Такие составные прозвища были характерны для русской, украинской и белорусской традиции XVI–XVII веков и часто давались людям с яркой, гиперболизированной характеристикой — силачам, упрямцам или тем, кто брался за непосильную работу.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вернигорин — это «сын Вернигоры» или «человек из рода Вернигоры». По модели образования фамилия схожа с такими, как Вернидуб, Вернигора, Вернигоров, где первый элемент — глагол в императиве. Интересно, что в украинском языке форма «Вернигора» встречается чаще, чем в русском, что может указывать на южнорусское или малороссийское происхождение фамилии. В русских говорах более распространены варианты с корнем «вороти-» (Воротигора, Воротилов), поэтому Вернигорин — это скорее западнорусский или украинский след.

Само прозвище могло закрепиться за человеком, который слыл необычайно сильным, способным «сдвинуть гору», или, наоборот, за тем, кто славился упрямством — его невозможно было переубедить, хоть гору свороти. Есть и бытовая версия: так могли прозвать работника, занятого на тяжёлых земляных работах, например, при строительстве насыпей или укреплений. Точных данных о сословной принадлежности носителей фамилии в ранний период нет, но подобные прозвища обычно давались незнатным людям — крестьянам, казакам, посадским.

В современных справочниках фамилия Вернигорин встречается нечасто. Она не входит в число распространённых, что говорит о локальном бытовании. Ономасты, в частности Б. Унбегаун, относят подобные «глагольные» фамилии к числу поздних, формировавшихся в XVI–XVII веках в среде служилых и вольных людей, где прозвище давало меткую и запоминающуюся характеристику. Таким образом, носитель фамилии Вернигорин — потомок человека, которого в своё время прозвали за недюжинную силу или несгибаемое упрямство.