Фамилия Водяников образована от мирского имени Водяник. В древнерусской традиции так называли нечистого духа, хозяина рек и озёр. Имя давали ребёнку не случайно: считалось, что, называя сына в честь духа, родители заручались его покровительством и отводили зло. В поверьях Водяник жил в омутах, на нижней Волге его величали Стерляжим царём, а ездил он, по преданию, на соме — эту рыбу даже называли «чертов конь» и старались не есть. Согласно народным рассказам, когда река в половодье выходила из берегов и ломала мельницы, крестьяне объясняли это буйной свадьбой водяных: духи плясали и крушили всё на пути. В своей стихии Водяник был силён, но на суше слабел — эта деталь выдаёт в имени не столько страшного демона, сколько персонажа, с которым можно было договориться.

Менее вероятна версия, что фамилия пошла от прозвища Водяник, данного человеку по бытовой или внешней примете. Например, водяника — это низкорослый кустарничек с чёрными ягодами, похожими на чернику. Тот, кто жил рядом с зарослями водяники или торговал ею, мог получить такое прозвище. Другая возможность — внешность: очень светлая, «водянистая» кожа, почти прозрачная.

Словообразовательная модель здесь простая: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Водяника». Такие фамилии на -ов типичны для центральной России и формировались в основном в XV–XVII веках. Среди однокоренных — Водянов, Водягин, Водянкин, но Водяников стоит особняком: его основа напрямую отсылает к мифологическому имени, а не к описанию воды или сырости.