Фамилия Водянников образована от прозвища или нецерковного имени Водянник. Самая прямая версия: так называли человека, жившего у воды — у реки, озера, пруда. Прозвище давали по месту жительства, и оно было понятным каждому: «водянник» в говорах означало «живущий у воды» или «водяной человек».

Но есть и второй, более глубокий смысл. Водянник — это одно из названий водяного, хозяина рек и омутов в славянской мифологии. По народным поверьям, водяные — падшие ангелы, сброшенные с неба и упавшие в воду. Их представляли по-разному: то маленьким стариком, то огромным существом с длинными ногами, получеловеком-полурыбой. Водянник жил в омутах, под мельничными колёсами, и с ним старались дружить — особенно мельники, иначе он мог разорить запруду.

Имя Водянник могли дать и как «охранное»: родители нарекали так сына, надеясь, что злые духи не тронут ребёнка, «своего» по имени. Это распространённая практика у славян — называть детей именами, связанными с нечистой силой, чтобы обмануть судьбу и уберечь от болезней.

Фамилия образована по стандартной модели: суффикс -ов присоединился к основе Водянник-, и получилось Водянников — «сын Водянника». Такая схема типична для русских фамилий, возникших из прозвищ и нецерковных имён. Однокоренные фамилии — Водяников, Водянов, Водянкин — но Водянников встречается чаще и устойчивее, особенно на юге России и в Поволжье.

Так что предки современных Водянниковых могли быть либо «водяными людьми» — жителями у воды, рыбаками или мельниками, — либо носителями охранительного имени, оберегавшего от нечистой силы.