Фамилия Волковникова — женская форма мужской фамилии Волковников. Её основа — прозвище или профессиональное именование Волковник. В отличие от очевидных «волчьих» фамилий (Волков, Волчков), здесь суффикс -ник указывает на человека, связанного с волками не по сходству, а по делу. Волковником в русских говорах могли называть охотника на волков, того, кто ставил капканы и организовывал облавы. В некоторых регионах так звали пастуха, который сторожил стадо от волков, или же человека, жившего в волчьей глуши.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище на -ник → притяжательное прилагательное Волковников → фамилия. Суффикс -ов- здесь выполняет роль патронимического показателя, указывая на принадлежность: «сын Волковника». Фамилия Волковников (и Волковникова) встречается реже, чем Волков, и это не случайно: прозвища, образованные от названий занятий, обычно давали по конкретному ремеслу, а не по тотемному животному. В переписных книгах XVII века можно встретить упоминания волковников как людей, плативших особый налог за право охоты на хищников.

Географически фамилия тяготеет к северо-восточным регионам России — Вологодчине, Костромской области и Пермскому краю. В этих местах охота на волков была не промыслом, а необходимостью: волки нападали на скот, и волковников нанимали целыми деревнями. Возможен и другой, более редкий вариант происхождения: от названия населённого пункта Волково или Волковники, но в этом случае фамилия писалась бы через суффикс -ский (Волковниковский), а не -ов. Поэтому версия с прозвищем-профессией остаётся основной.

Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская. В дореволюционных метрических книгах Волковниковы чаще всего числились государственными крестьянами. Женская форма Волковникова закрепилась в XIX веке как стандартное окончание для замужних женщин и дочерей. Сейчас фамилия редкая, её носители живут в основном в центральной России и на Урале.