Фамилия Волковников — редкий случай, когда в основе лежит не прямое прозвище или профессия, а двойной суффикс, намекающий на сложную социальную историю. Если разобрать её по составу, получится цепочка: корень «волк», затем суффикс «-овник» (или «-овн-ик»), и только потом родовое окончание «-ов». Такая модель встречается нечасто и обычно указывает на то, что фамилия образована не от личного имени или прозвища, а от более позднего прозвания — например, от названия должности или ремесла.

Волковников могло означать «сын Волковника». А Волковник — это человек, связанный с волками: возможно, охотник на волков, зверолов, или же тот, кто держал волков для какой-то цели (в барских псарнях иногда содержали прирученных волков для охоты или травли). В русских говорах слово «волковник» фиксировалось в значении «волчий пастух» или «загонщик волков» — такая профессия была востребована в лесных регионах, где волки наносили урон скоту. В отличие от фамилии Волков, которая могла возникнуть просто от прозвища «Волк» (человек с волчьими чертами характера), Волковников прямо указывает на занятие предка.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: Волковников — это отчество от прозвища Волковник, которое давали человеку, жившему в местности с названием Волково или Волковня. Однако географических названий с такой основой в России немного, и они не образуют устойчивого прозвания «Волковник». Поэтому профессиональная версия выглядит убедительнее.

По сословной принадлежности фамилия не даёт однозначного ответа. Волковниковы могли быть как крестьянами (охотники, лесники), так и служилыми людьми — например, псари или егеря в помещичьих усадьбах. В дворянских родословных книгах эта фамилия не упоминается, что говорит о её «низовом» происхождении. Встречается она преимущественно в центральных и северных губерниях России — там, где охота на волка была промыслом. Встретить Волковникова сегодня можно в Вологодской, Костромской и Кировской областях, но в целом фамилия редкая, её носители — скорее всего, потомки тех самых лесных людей, которые знали волчьи повадки не по книгам.