Фамилия Волоконецкий — редкий пример, когда географическая основа почти стёрта суффиксом, но этимологию восстанавливают по названиям сёл. Всё начинается с прозвища Волоконец, которое, скорее всего, дали человеку по месту жительства: поселения Волоконово есть в Орловской области России и в Могилёвской области Беларуси. Значит, предок носителя фамилии родился или долго жил в одном из этих мест, а потом получил прозвище по названию родной деревни.

Название Волоконово, в свою очередь, связывают с нарицательным «волокно» — тонкая непряденая нить. Это не случайно: в таких сёлах часто селились ткачи или прядильщики, а само слово могло указывать на ремесло первых жителей. Модель фамилии здесь типична для восточнославянской ойконимии: от названия поселения на -ово (Волоконово) через суффикс -ец (Волоконец) и далее фамильный суффикс -ский, который буквально означает «выходец оттуда».

Интересно, что суффикс -ец в прозвище Волоконец — характерный для жителей конкретных мест (сравните: тамбове́ц, орлове́ц). То есть человека звали не просто «Волоконовский», а сначала «Волоконец» — житель Волоконова, и лишь потом за потомками закрепилась полная фамилия Волоконецкий. Такая цепочка образования встречается реже, чем прямой переход от топонима на -ский, и говорит о том, что фамилия могла сложиться в среде, где прозвища были живыми и бытовыми, а не канцелярскими.

Других версий происхождения — от личного имени или прозвища по занятию — практически нет: корень «волок-» в этом контексте не связан с волоком (перетаскиванием судов) или волокитой. Всё указывает именно на ткацкое или прядильное ремесло, которое могло кормить целую деревню. Фамилия остаётся редкой, и в современных справочниках её носители почти не встречаются среди известных исторических лиц — что неудивительно для фамилии, завязанной на небольшой локальный топоним.