Фамилия Воробьены — редкий случай, когда исходная форма имени или прозвища почти стерлась из памяти, а на первый план выходит необычный суффикс. В ней слышится что-то птичье, но это не фамилия Воробьёв, где основа ясна сразу. Здесь работает иная словообразовательная модель.

Основа «Воробьен» — это не усечённый вариант от «воробей», а скорее старая русская диалектная форма. В северных и центральных говорах слова с суффиксом -ен- (-ён-) могли обозначать не взрослую птицу, а птенца или детёныша: «воробьёнок» — маленький воробей. От такого прозвища, данного либо за небольшой рост, либо за юркость и суетливость, и пошла фамилия. Суффикс -ы в окончании (Воробьены) — это не опечатка и не вариант на -ин. Это окончание множественного числа, типичное для фамилий, образованных от прозвищ во множественном числе: «Чьи будете? — Воробьены» (то есть из рода Воробьёна). Такая модель встречается реже, чем патронимические фамилии на -ов/-ев и -ин, и чаще фиксируется на Русском Севере и в Сибири, где сохранялись архаичные формы именования по отцу или прозвищу рода.

В некоторых случаях могла сыграть роль и фамилия Воробьёв, но с изменённым окончанием под влиянием местного говора: «воробьёны» как «принадлежащие Воробью». Однако более правдоподобно, что перед нами самостоятельное прозвищное имя Воробьён, которое закрепилось за родом в форме множественного числа. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, и её географическая привязка — вероятнее всего, северные или восточные регионы России, где нестандартные суффиксы в фамилиях встречаются чаще, чем в центральных губерниях.

Таким образом, предки носителей фамилии Воробьены получили своё родовое имя не от птицы вообще, а от её птенца — по росту, характеру или семейной легенде. А форма множественного числа сохранила память о том, что фамилия изначально была ответом на вопрос «чьи вы?» и обозначала целый род, а не одного человека.