Фамилия Воронен — редкий пример того, как прозвище превратилось не в стандартную русскую фамилию на -ов/-ев, а сохранило свою исходную форму. В большинстве случаев от прозвища Ворона образовывали фамилию Воронов, но здесь мы видим другой механизм: фамилия застыла в виде краткого прилагательного или существительного с суффиксом -ен. Этот суффикс в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на украинское или белорусское происхождение. В украинском языке суффикс -ен нередко присоединялся к прозвищам, давая фамилии вроде Воронен, Губен, Бондарен (хотя последний вариант чаще пишется через -ко). Таким образом, Воронен — это, скорее всего, выходец с территории современной Украины или Белоруссии, чью фамилию не русифицировали, а оставили в исходном виде.

Основа фамилии прозрачна: ворон. Прозвище Ворона давали людям с черными, как смоль, волосами, либо с хриплым, каркающим голосом, либо с характером — ворчливым, недоверчивым, любящим собирать ненужные вещи (как ворона тащит всё блестящее). В славянской традиции ворон — птица неоднозначная: с одной стороны, вещая, связанная с предсказаниями, с другой — падальщик, символ смерти. В прозвище могли вкладывать и уважительный оттенок (мудрый, старый), и насмешливый (мрачный, нелюдимый). Выбрать одну версию без контекста невозможно, но бытовое прозвище по внешности или поведению — самый частый случай.

География фамилии подтверждает её западнорусское происхождение. В современных базах данных Воронен встречается в основном в Беларуси (особенно в Минской и Гродненской областях), на западе Украины (Волынь, Ровенщина) и в приграничных областях России — Брянской, Смоленской. В центральной России эта фамилия редка, что косвенно говорит о том, что она не перешла в массовый оборот, а осталась локальной.

Любопытно, что фамилия Воронен почти не дала производных форм. В отличие от Воронова, от которого пошли Воронцовы, Воронкины и Вороновичи, Воронен остался одиночкой. Это характерно для фамилий, образованных не от имени, а от прозвища, которое не стало родоначальником целого клана. Носители фамилии, вероятно, происходят от одного предка, получившего прозвище Ворона, и их родословная может быть довольно компактной.

Если искать параллели, то ближайшая однокоренная фамилия — Воронок, тоже редкая и тоже с суффиксом, не типичным для великорусского ареала. Воронен и Воронок — как братья, один с уменьшительным суффиксом -ок, другой с -ен, оба избежали стандартизации. Возможно, в каком-то говоре Воронен было не фамилией, а прозвищем в форме «воронён» (воронёнок), то есть молодой ворон, но это лишь предположение, не подтверждённое источниками.