Фамилия Вороний — редкий пример, где мы слышим не суффикс, а окончание прилагательного. В русской фамильной системе это сразу выдает нерусское или позднее происхождение. Большинство русских фамилий на -ов/-ев или -ин отвечают на вопрос «чей?» (чей сын? — Иванов, Петин). Вороний же — притяжательное прилагательное в форме мужского рода, которое отвечает на вопрос «какой?». Такая модель почти не встречается у исконно русских фамилий, зато характерна для украинской, белорусской традиции или для искусственных фамилий, которые давали в семинариях.

В основе — слово «ворон». Но прозвище Вороний могло закрепиться за человеком не только из-за внешнего сходства с птицей (черные волосы, смуглая кожа). В диалектах «вороной» означало «черный, темный», отсюда масть лошади — вороная. Прозвище мог получить крестьянин, державший вороных коней, или человек с соответствующей фамилией по масти — например, если его отец носил прозвище Вороной. Важно не путать с фамилией Воронов: Воронов — это «сын Ворона» (отчество), а Вороний — «принадлежащий Ворону» или «свойственный ворону».

Вторая версия, более правдоподобная для русской почвы, — семинарское происхождение. В духовных училищах XVIII–XIX веков ученикам нередко давали «птичьи» фамилии, образованные от названий животных и птиц, причем часто в форме прилагательных: Соколий, Орлиный, Вороний. Такие фамилии присваивали искусственно, по желанию начальства, и они не передавали ни профессию, ни отчество предка. Если ваш предок был из духовного сословия, фамилия Вороний могла появиться именно так — как экзотическая замена прежней, более простой фамилии.

Географически фамилия редкая. Встречается на юге России и в Украине, где притяжательные прилагательные в качестве фамилий встречаются чаще. В центральных и северных областях России она почти не фиксируется. Написание с окончанием -ий, а не -ой (Вороной) — еще один маркер: фамилия Вороной встречается чаще и имеет ту же основу, но другую грамматическую форму. Разница между Вороний и Вороной примерно как между «синий» и «синей» — разное склонение и разная история бытования.