Фамилия Воронушкин образована от мирского имени Воронушка — уменьшительно-ласкательной формы древнерусского нецерковного имени Ворон или Ворона. Такие имена, данные по названиям птиц, были распространены в дохристианской и раннехристианской Руси, и их значение часто было двойственным. С одной стороны, ворон и ворона в народных верованиях считались тёмными, нечистыми птицами, связанными со зловещими приметами. Желая уберечь ребёнка от злых сил, родители могли дать ему «отпугивающее» имя-оберег: считалось, что тёмные духи не тронут того, кто уже назван их именем. С другой стороны, имя Ворон могло выполнять и прямо противоположную функцию — призвать к ребёнку положительные качества этой птицы. Ворон почитался как вещая, мудрая птица-долгожитель, поэтому, называя сына Вороном или Воронушкой, родители словно просили природу принять его как своего и наделить долголетием, прозорливостью и силой.

Сама фамилия Воронушкин — типичная для русской ономастики «патронимическая» модель с суффиксом -ин. Она отвечает на вопрос «чей?» и буквально означает «сын Воронушки». Суффикс -ушк- в основе (Ворон-ушк-а) является уменьшительно-ласкательным, что указывает на то, что прозвище Воронушка, скорее всего, давали не взрослому мужчине, а ребёнку или молодому парню. Такая форма имени — Воронушка — встречается в документах XVII–XVIII веков, например, в переписных книгах Новгородской и Вологодской земель, где записаны крестьяне с этим прозвищем. Это подтверждает, что фамилия имеет народные, крестьянские корни, а не дворянские или книжные.

В отличие от более распространённых однокоренных фамилий — Воронов, Воронин, Воронков, — форма Воронушкин встречается значительно реже. Она сохранила в себе ту самую уменьшительную основу, которая вышла из активного употребления в качестве личного имени уже к XIX веку. Поэтому носители фамилии Воронушкин могут считать, что их предок носил не просто прозвище «Ворон», а ласковое, почти домашнее имя Воронушка — что говорит о тёплом отношении в семье или о молодом возрасте первого обладателя этого прозвища.