Фамилия Войтнеко звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Её основа и суффикс указывают на украинское или белорусское происхождение. Модель образования проста: к корню «Войтн-» добавился типичный для восточнославянских фамилий суффикс -енко, который в украинском языке означает «маленький» или «сын» (как Иващенко — сын Ивана, Тимошенко — сын Тимофея). Таким образом, Войтнеко буквально значит «сын Войтны» или «потомок Войтны».

Корень «Войтн-» восходит к слову «войт» (от немецкого Vogt — управляющий, наместник). В Речи Посполитой и на западнорусских землях войтом называли выборного или назначаемого старосту сельской общины, городского голову или судью. Фамилия Войтнеко, вероятнее всего, образована от прозвища Войтна, которое дали либо сыну войта, либо человеку, служившему у войта. Суффикс -на в прозвище может указывать на принадлежность: «Войтна» — это «войтов», то есть относящийся к войту (сравните: «жена войта» — «войтна»).

Географически фамилия тяготеет к западу Украины и югу Беларуси — регионам, где магдебургское право и институт войтов были распространены особенно широко. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в центральной России, Войтнеко сохраняет типично украинский патронимический суффикс. Если бы фамилия образовалась в русской среде, она звучала бы как Войтов или Войтнев.

Сословно носители фамилии относились скорее к казачеству или мещанству, реже — к мелкой шляхте. Войты не были аристократами, но занимали заметное положение в общине, поэтому прозвище могло закрепиться как фамильное. Написание с «е» в суффиксе (-енко, а не -енко) — одна из особенностей украинской орфографии, где «е» передаёт звук, близкий к русскому «э». В документах XIX века фамилию могли записывать и как Войтнѣнко.

Спорных версий происхождения практически нет: корень прозрачный, суффикс типичный. Единственное, что может сбить с толку, — возможное звуковое сходство с фамилией Войтенко (от «воин»). Но Войтнеко чётко отсылает к войту, а не к воину.