Фамилия Войтяков образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Войтяка). Основа здесь — Войтяк. Это, в свою очередь, производная форма от крестильного имени Войтех (или Адальберт) в его западнорусском, белорусском или польском звучании. В православных святцах это имя не встречалось, но у католиков святой Войтех (Адальберт Пражский) широко почитаем. На русской почве имя трансформировалось в просторечные варианты: Войтко, Войтек, Войтяк. Суффикс -як в основе характерен для украинской и белорусской традиции, он придаёт имени оттенок уменьшительности или принадлежности к определённому роду занятий.

Однако у фамилии есть и вторая, не менее вероятная версия происхождения. Она связывает основу не с именем, а с социальным статусом. Слово «войт» (от немецкого Vogt — управляющий, судья) в Речи Посполитой и на западнорусских землях обозначало выборное лицо — сельского старосту или городского голову. Войтяком могли прозвать сына или слугу войта, а то и самого войта, если он получил такое прозвище в быту. Эта версия подкрепляется географией: фамилия Войтяков и её варианты (Войтков, Войтехов) чаще всего встречаются на территории современных Брянской, Смоленской областей России, а также в Беларуси и на Украине — там, где исторически сильны польское и литовское влияние и где должность войта была обычным делом.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия прошла через «фильтр» великорусского суффикса -ов. Если бы она осталась в украинской среде, то звучала бы как Войтяк (без окончания). Переход в Войтяков — признак того, что носитель или его предки попали в зону русского делопроизводства (например, после разделов Речи Посполитой или при переселении в центральные губернии). Таким образом, фамилия несёт в себе двойной культурный след: западнославянскую основу (имя или должность) и восточнославянскую форму оформления.

В сословном отношении Войтяковы, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Фамилии на -ов в этой среде закрепились поздно, в основном в XIX веке. Дворянских родов с такой фамилией в известных родословных книгах не зафиксировано, хотя отдельные представители могли выбиться в купцы или духовенство. Интересно, что фамилия не так редка, как кажется: по данным современных телефонных справочников, Войтяковы компактно живут в Брянской области и на юге Беларуси, что подтверждает её региональную привязку.