Фамилия Войтянов — редкий пример, когда суффикс -ов присоединился не к полной форме крестильного имени, а к его просторечной, «домашней» версии. В основе лежит имя Войт (или Войтя), которое является сокращением от канонического Войтех. Войтех — имя западнославянского происхождения (чешское Vojtěch), означающее «утешение войска» или «радость воинов». На Русь оно попало через католическое влияние, но встречалось редко, чаще у поляков и белорусов. Отсюда и фамилия Войтянов: сначала было прозвище или полуимя Войтя, а затем, по патронимической модели, — «сын Войти» (Войтянов).

Интересна и другая версия, менее очевидная, но вполне реальная. В юго-западных русских землях, особенно на Волыни и в Подолии, словом «войт» называли сельского старосту или выборного главу общины (от немецкого Vogt — управляющий). Войтянов в таком случае — не от имени, а от прозвища или должности: «сын войта». Сын того самого войта, который вершил суд и собирал подати. Эта версия подкрепляется тем, что фамилия Войтянов чаще встречается в Беларуси и на Украине, чем в центральной России, где имя Войтех было почти неизвестно.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель, но основа фамилии выдает её западное происхождение. В польском языке аналогичная фамилия звучала бы как Войтянович, а в белорусском — Вайцяноў. Войтянов — это русифицированный вариант, который закрепился в документах после присоединения западнорусских земель к Российской империи. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьян или мещан, реже — из мелкой шляхты, которая со временем утратила сословные привилегии и «обрусела» в написании.

Стоит обратить внимание на ударение. В большинстве говоров фамилию произносят с ударением на второй слог: Войтя́нов. Но в некоторых регионах, особенно там, где сильны белорусские диалекты, ударение может падать на первый: Во́йтянов. Оба варианта допустимы, хотя литературная норма склоняется к первому.