Фамилия Воженников образована от прозвища Воженник. Самая прямая и правдоподобная версия связывает его со словом «вожжа» — веревкой для управления лошадью. В словаре Даля вожжа описывается именно как часть упряжи, пристегиваемая к удилам. Значит, Воженником могли назвать извозчика, кучера или мастера, который эту упряжь изготавливал. Это «профессиональное» прозвище, каких много в основе русских фамилий.

Суффикс -ник в прозвище Воженник типичен для обозначения человека по роду занятий (ср. охотник, плотник). А вот фамильный суффикс -ов указывает на принадлежность: Воженников буквально означает «сын Воженника» или «из семьи Воженника». Модель образования стандартная для центральной России и Поволжья.

Есть и вторая, менее убедительная версия — от глагола «водить». Сторонники этой гипотезы предполагают, что Воженник мог быть поводырем (водил зверей на показ) или даже предводителем, вождем. Однако связь с конкретным ремеслом (извоз или шорное дело) выглядит естественнее, чем абстрактное «водить», которое дало бы скорее прозвище Вожак или Водила.

Сама фамилия Воженников — редкая. Она не входит в списки самых распространенных русских фамилий и имеет ярко выраженную профессиональную окраску, что сразу выделяет её на фоне фамилий, образованных от крестильных имен. В говорах слово «вожжа» и производные от него встречаются часто, но в качестве прозвища оно закрепилось не у всех, а именно у тех, для кого управление лошадью было делом жизни.