Фамилия Выдрины — один из примеров древнего обычая давать человеку прозвище по названию животного. В основе лежит прозвище Выдра. В XV–XVII веках такие «звериные» имена были в ходу: в «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упомянут Иван Выдра, крестьянин 1545 года из Новгорода, и Денис Выдрин, посадский человек 1625 года из Тотьмы. Обратите внимание: вторая запись по сути уже фиксирует фамилию в её современном виде.

Прозвище Выдра могли дать по внешнему сходству — за смуглую кожу, тёмные волосы или юркость в движениях. В некоторых говорах «выдрой» называли человека, который много и ловко плавает. Не исключено и профессиональное прозвище: охотник на выдр, чей мех ценился. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Выдрин, то есть сын или потомок Выдры.

Фамилия закрепилась в северных и центральных русских землях — Новгород, Тотьма, позднее Вятка и Урал. Встречается и вариант Выдрины — с ударением на первый слог, что характерно для некоторых вологодских и архангельских говоров. О точном месте и времени возникновения говорить сложно: процесс формирования фамилий был долгим, но очевидно, что род Выдриных уходит корнями в допетровскую Русь.