Фамилия Якунини — редкая и сразу обращает на себя внимание необычным суффиксом. Чаще всего фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я (Петров — Петров, но Илья — Ильин), а здесь мы видим двойное -ин-: Якун-ин-и. Это не опечатка и не искусственная форма. Скорее всего, перед нами не патроним (отчество), а прозвищная фамилия, образованная от имени или прозвища Якуня через суффикс принадлежности -ин, но с последующим присоединением ещё одного -и. Такая модель встречается в северных и сибирских говорах, где фамилии на -их/-ых (например, Якуниных) могли трансформироваться в -ини (Якунини) под влиянием местного произношения или при фиксации в документах.

Основа фамилии — Якуня. Это уменьшительная форма от канонического имени Иаков (в русском обиходе — Яков). Иаков — библейское имя древнееврейского происхождения, означающее «следующий по пятам», «держащийся за пятку». В народе Яков был одним из самых распространённых имён, поэтому его производные дали огромное количество фамилий: Яковлев, Якушев, Яшин, Якунин. Якунини стоит в этом ряду особняком. Если бы фамилия была просто Якунин, она бы указывала на прямого предка по имени Якуня. Но двойной суффикс намекает, что носитель мог быть не сыном Якуни, а, например, внуком или человеком, получившим прозвище от целого рода Якуниных — то есть «из Якуниных», «Якунинич».

Географически фамилия тяготеет к Русскому Северу и Вятке. В XIX веке единичные случаи Якунини зафиксированы в Вологодской и Пермской губерниях, а также среди старообрядцев. Сословно носители были преимущественно государственными крестьянами или мещанами — никакого дворянства в этой фамилии не прослеживается. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Яку́нини, хотя в устной речи могло смещаться на последний — Якунини́, по аналогии с фамилиями на -ини́ (Бородини́, Репини́).

В современной России фамилия встречается крайне редко, не входит даже в сотни самых редких, но это делает её ценной для генеалогии: каждый найденный Якунини — почти наверняка родственник. Если вы носите эту фамилию, ищите корни в северных деревнях или в среде вятских крестьян.