Фамилия Янцов — редкий пример, когда географический акцент в окончании перевесил типовую модель. Скорее всего, перед нами не «Янц + ов», а результат адаптации фамилии на -ский или -цкий. В русской ономастике фамилии на -цов обычно возникали от названий населённых пунктов с суффиксом -ц-: если человек был родом из села Янцы или Янцова, то его могли записать как Янцов — то есть «выходец оттуда». Такой путь образования типичен для северных и центральных губерний, где прозвища по месту жительства закреплялись через суффикс принадлежности.

Сама основа «Янц» восходит к имени Ян — западнославянской и южнославянской форме канонического имени Иоанн (Иван). В белорусских, польских и украинских землях Ян было распространённым самостоятельным именем, а не просто вариантом. От него образовывались уменьшительные формы: Янец, Янчик, Янцо. Фамилия Янцов могла возникнуть и как патроним от прозвища Янцо: в говорах Псковщины и Смоленщины «янцо» — ласковое обращение к человеку по имени Ян, почти как «Янечка». Суффикс -ов в таком случае притяжательный, означающий «сын Янца».

Версия с польским следом тоже имеет право на жизнь. В Речи Посполитой фамилия Janiec (Янец) встречалась нередко, а при переходе в русскую среду её могли переоформить по русской модели, добавив -ов. В этом случае Янцов — русифицированный вариант польской фамилии, который закрепился в XIX веке после разделов Польши.

Единичные носители фамилии Янцов встречаются в документах XVII века среди служилых людей по южной засечной черте, но массово фамилия не распространилась. Это редкая, локальная фамилия, которая держится в основном в Курской, Орловской и Воронежской областях — как раз там, где смешивались великорусские и малороссийские говоры, где имя Ян было в ходу.