Фамилия Яшонина — женская форма фамилии Яшонин, и в ней легко угадывается суффикс -ин, один из самых распространённых в русских фамилиях. Он указывает на принадлежность: «чей?» — Яшонин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Яшоня. Основа фамилии, Яшоня, — это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Яков. В русской народной традиции имя Яков давало целый ряд производных: Яша, Яшка, Яшута, а также Яшоня с характерным суффиксом -оня, который придаёт имени оттенок нежности или, в зависимости от контекста, фамильярности. Таким образом, Яшонин означает «маленький Яша» или «потомок Яшони».

Географически фамилия Яшонин (и её женская форма) — редкая. Основной ареал её бытования, судя по данным современных телефонных справочников и архивных записей, — центральные и северные области России, в частности Кировская, Вологодская и Архангельская области. Это не случайно: в северных и поморских говорах имя Яков нередко произносили как Я́коф или Я́кша, а уменьшительная форма Яшоня могла закрепиться в качестве прозвища или неофициального имени. Встречается фамилия и в Поволжье, но единично.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: суффикс -ин присоединился к основе, оканчивающейся на -я (Яшоня). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на согласный или -о, -ин типичен для имён и прозвищ, заканчивающихся на -а/-я. Поэтому Яшонин стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Мишенин (от Мишеня — уменьшительное от Михаил) или Ивонин (от Ивоня — форма от Иван), но в отличие от них основа Яшоня менее частотна.

Версия о происхождении от прозвища, не связанного с именем, маловероятна. Слово «яшоня» в диалектах русского языка не зафиксировано в качестве самостоятельного нарицательного — ни как название птицы, ни как обозначение ремесла. Поэтому наиболее правдоподобно видеть в основе именно разговорную форму канонического имени. Носители фамилии Яшонина могли быть потомками крестьянина или ремесленника, которого в быту звали Яшоней, — и это имя, перейдя в фамилию, сохранило память о конкретном человеке, жившем, скорее всего, в XVII–XVIII веках, когда фамилии на -ин активно закреплялись за крестьянскими и посадскими родами.