Фамилия Забабуркина — женская форма, а её мужской вариант — Забабуркин. Она образована по самой распространённой в русской ономастике модели: к основе прозвища или мирского имени прибавили суффикс притяжательности -ин. Это значит, что предка звали Забабурка. Корень здесь — «бабур», который в русских говорах имеет несколько значений, и все они ведут к прозвищу.

Слово «бабур» или «бабура» в диалектах означает нечто маленькое, невзрачное или суетливое. В вятских, пермских и сибирских говорах «бабурой» называли мелкую рыбёшку (например, бычка или подкаменщика), а также суетливого, хлопотливого человека. В других областях «бабурка» — это уменьшительное от «баба» (женщина), но с оттенком пренебрежения или шутки. Приставка «за-» в прозвище Забабурка могла означать «тот, кто за бабуркой» — либо живущий за каким-то урочищем, связанным с этим словом, либо получивший прозвище за привычку прятаться или находиться позади. Вторая, более вероятная версия: «за» — усилительная приставка, как в словах «закорючка» или «замухрышка». Тогда Забабурка — человек, который «забабурился», то есть ушёл в себя, стал нелюдимым или неопрятным.

Фамилия редкая и, скорее всего, имеет локальное происхождение. Её можно встретить в старых документах по Пермской и Вятской губерниям, где говоры сохранили слово «бабур». Связи с дворянскими родами нет — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по внешним чертам или повадкам. Родственные фамилии — Бабурин, Бабуркин, Забабурин — построены от того же корня, но с разными суффиксами. Вариант Забабуркин стоит особняком: суффикс -к- в основе (Забабурк-а) указывает на то, что прозвище было именно в этой уменьшительной форме, что характерно для деревенского быта, где ласкательные или уничижительные имена были нормой.