Фамилия Заболотнука (в исходной форме Zabolotnuka) указывает на место, где жил предок — за болотом. Основа та же, что у прозвища Заболотный, которое в восточнославянской традиции давали человеку, чей дом или надел находился по ту сторону болота, за топью. Такие прозвища были распространены повсеместно: болота в средней полосе и на севере Руси занимали огромные площади, и «заболотными» называли жителей отдалённых, отрезанных от основной деревни хуторов или выселков.

Форма Заболотнука — нетипичная для русских фамилий. Обычная русская модель — Заболотнов, Заболотский или Заболотный (в роли фамилии). Окончание -ука (или -нука) выдаёт в фамилии украинское или белорусское происхождение. В украинском языке фамилии на -ук, -юк, -чук означают «потомок» или «маленький»: Заболотнук — «сын Заболотного», а Заболотнука — грамматически оформленная женская форма (жена или дочь Заболотнука) либо русифицированный вариант записи, когда фамилию склоняют как существительное женского рода.

На письме фамилия могла закрепиться в двух вариантах: Заболотнук (для мужчин) и Заболотнука (для женщин), но в современных документах нередко фиксируют одну форму для всех членов семьи. Если в свидетельствах стоит именно Заболотнука, это, скорее всего, историческая запись по материнской линии или результат канцелярской ошибки при унификации фамилий в XIX–XX веках.

Вероятно, предки носителя фамилии жили на границе леса и болота — на Полесье, Волыни или в Черниговской губернии, где топонимы «Заболоття» встречаются сплошь и рядом. Прозвище Заболотный со временем заменило наследственное имя полностью, как это часто бывало в крестьянской среде: человека записывали не по отцу, а по урочищу, и это прозвище переходило детям уже как фамилия.