Фамилия Заболотнева — женская форма, а мужская, Заболотнев, образована от прозвища Заболотный. В основе лежит существительное «болото» с предлогом «за». Прозвище давали тому, кто жил «за болотом», то есть на окраине, за сырой, труднопроходимой местностью. В древнерусских поселениях болото часто служило естественной границей, и человека, чей дом стоял по другую сторону, называли Заболотным, чтобы отличить от соседей.

Фамилия построена по типичной восточнославянской модели: прозвище на -ный → фамилия на -ов/-ев. Суффикс -ев (а не -ов) появился из-за мягкого конечного согласного основы: Заболотн(ый) → Заболотнев. Это стандартное правило русской ономастики, которое Б. Унбегаун описывает в «Русских фамилиях»: фамилии на -ев образуются от основ на мягкий согласный или на -й.

Интересная деталь: в говорах северных и центральных областей России (Архангельская, Вологодская, Костромская, Нижегородская) слово «болото» могло означать не только топь, но и вообще сырое, низкое место, поросшее мхом и кустарником. Поэтому географическая привязка фамилии широкая — носители встречаются по всей полосе от Смоленщины до Урала, особенно в тех районах, где болотистые земли были обычным ландшафтом.

Сравните с однокоренными фамилиями: Заболотский (вариант с суффиксом -ск-, указывающим на происхождение от названия населённого пункта), Заболоцкий (тая же основа, но с чередованием о/а), Болотников, Болотнов. Заболотнева стоит особняком — в ней сохранился суффикс прилагательного -н-, который прямо указывает на прозвищное происхождение, а не на топоним.

В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с фамилией Заболотнев в переписных книгах Вятки и Перми Великой. Это подтверждает, что основатели рода были не дворянами, а черносошными крестьянами или ремесленниками, которых прозвали по месту жительства. Потомок такого человека, будь то мужчина или женщина, получал фамилию Заболотнев или Заболотнева — и она закреплялась за семьёй.