Фамилия Заболотнов образована от прозвища Заболотный, которое давали человеку, жившему «за болотом» — на отшибе, у края села. В основе лежит существительное «болото» в творительном падеже с предлогом «за». Такая модель — одна из самых прозрачных в русской ономастике: она прямо указывает на место жительства предка. Обычно прозвища по географическому признаку закреплялись за переселенцами или за теми, чей дом стоял обособленно, за природной преградой.

Словообразовательный сдвиг тут любопытный: от стандартной формы Заболотный (с суффиксом -ый, типичным для прилагательных) фамилия пошла через суффикс -ов. Это значит, что первоначально она отвечала на вопрос «чей?» — «сын Заболотного». В русской фамильной системе такой переход встречается нечасто: обычно фамилии на -ов образуют от прозвищ на -о, -а или от полных имён (Иван — Иванов), а здесь прилагательное Заболотный дало форму Заболотнов. Похожая модель работает, например, у фамилии Широков (от Широкий) или Кривов (от Кривой).

Географически фамилия Заболотнов встречается преимущественно в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Кировской, Нижегородской. Это косвенно подтверждает связь с болотистой местностью: в этих краях топоним «за болотом» был понятен каждому. В украинской и белорусской традиции аналогичная фамилия звучала бы как Заболотный (без наращения -ов).

Иных версий происхождения, кроме топографической, у фамилии нет — корень слишком конкретен, а прозвищный тип «живущий за болотом» хорошо задокументирован в актах XVI–XVII веков. Никакой связи с ремеслом или личным именем здесь не прослеживается.