Фамилия Заболотных указывает на место, где жили предки, и её основа — прозвище Заболотный, означающее «живущий за болотом». Такая модель образования типична для русских фамилий: по тому же принципу появились Лесов (живущий у леса) или Зацерковный (живущий за церковью). Однако фамилия Заболотных стоит особняком из-за своего суффикса -их, который встречается реже, чем привычные -ов или -ин. Суффикс -их/-ых характерен для северных и северо-восточных регионов России, в первую очередь для Архангельской, Вологодской, Вятской губерний и Пермского края. Такие фамилии закреплялись в форме родительного падежа множественного числа: Заболотных — буквально «из семьи Заболотных» или «те, кто живут за болотом».

Согласно другой версии, прозвище могло возникнуть не от болота как ландшафта, а от названия населённого пункта. Деревни с именем Заболотное разбросаны по всей России: они есть в Нижегородской, Ивановской, Ярославской, Калужской, Кировской областях, а также в Пермском крае и Удмуртии. Если предок происходил из такой деревни, его могли прозвать Заболотный, а потомки, перебравшись в другое место, закрепили за собой фамилию Заболотных. Интересно, что в некоторых говорах «заболотный» означало не только расположение, но и человека, который живёт в глуши, в отдалении от людей, — так прозвище могло получить и переносное значение.

В документах фамилия встречается с XVII века, в основном в северных и приуральских землях. Например, в переписных книгах Вятского уезда можно найти крестьян Заболотных — это были государственные или монастырские крестьяне, жившие в лесных и болотистых местах. Сословная принадлежность почти всегда была крестьянской или посадской, дворянских родов с такой фамилией практически нет. Со временем написание фамилии стабилизировалось в форме Заболотных, хотя в старых записях встречаются варианты Заболотной, Заболотново — это отражает живую речь и местные особенности произношения.