Фамилия Заболотный относится к группе русских фамилий, образованных от названия местности. Её основа — слово «заболотье», то есть место за болотом, сырая низина, поросшая лесом или кустарником. Такие названия были распространены на Руси повсеместно: деревни и сёла с именем Заболотье встречаются в Вологодской, Костромской, Тверской, Смоленской и других областях. Родоначальник фамилии, скорее всего, был уроженцем или жителем одного из таких селений.

Модель образования типична для восточнославянской ономастики: основа «Заболот-» плюс суффикс прилагательного «-н-» и окончание «-ый». В результате получалось прозвище, указывающее на место жительства: Заболотный — тот, кто живёт за болотом. Со временем это прозвище закрепилось за потомками и стало наследственной фамилией.

Интересно, что у фамилии есть и другой вариант — Заболотнов. Он возник уже в официальной среде, когда при переписях и в документах к основе добавляли типичный русский суффикс принадлежности «-ов». Так Заболотный превращался в Заболотнова, что буквально значит «сын Заболотного». Обе формы — Заболотный и Заболотнов — существуют параллельно, причём первая более архаична и чаще встречается на Украине и в южнорусских регионах, а вторая — в центральной и северной России.

Суффикс «-н-» в фамилии Заболотный — не редкость, но он выделяет эту фамилию среди массы фамилий на «-ов/-ев». Он указывает на более древний пласт прозвищных имён, которые ещё не успели «обрости» патронимическим суффиксом. Такой тип фамилий (Заречный, Луговой, Полевой) особенно характерен для польской и украинской традиции, что косвенно подтверждает возможное западнорусское или малороссийское происхождение конкретных родов Заболотных.

В дореволюционных документах фамилия могла писаться через «а» — Заболотный, но встречается и вариант с «о» — Заболотный, что связано с акающим произношением в южных говорах. В советское время написание унифицировали, но в семьях, переехавших из разных регионов, могли сохраниться оба варианта. Сегодня носители фамилии живут по всей России, Украине и в странах ближнего зарубежья, и каждый из них, по сути, носит в своей фамилии память о топком, поросшем осокой крае, где когда-то стоял дом их предка.